Rīgas 3.pamatskola ir celta 20.gs. sākumā un ir viena no 24 tā saucamajām "sarkanajām" skolām, kuras projetējis tā laika galvenais Rīgas arhitekts Reinholds Georgs Šmēlings. Tieši savā sarkanajā arhitekrūrā viņš atrada individuālo atšķirību, māksliniecisko rokrakstu. Šodien skolas ēka ir celtne ar vēsturisku nozīmi.
19.gs. nogale un 20.gs. sākums bija Rīgas vēsturē vēl nebijuša uzplaukuma un lielas būvēšanas laiks. Veselus 36 gadus no 1879.gada līdz 1915.gadam Rīgas galvenais arhitekts bija R.G.Šmēlings, pēc viņa projektiem cēla Rīgu, tai skaitā arī 24 skolas.
Savās skolu celtnēs R.G.Šmēlings pirmais ieviesa pie mums tagad tik ierasto principu ar gaišiem gaiteņiem, gar kuriem kārtojās klašu telpas.
Skolas arhīva materiāli liecina, kas skolā strādā spilgtas personības, kas vada skolas dzīvi interesanti, bērnus audzinot nacionālā un valstiskā garā. Starp tiem ir arī dzjeniece Valda Moora, kas ilgus gadus strādāja par latviešu valodas skolotāju (1920.-1944.), līdz pat emigrācijai.
Skolā strādāja viena no defektoloģijas dibinātājiem Latvijā - Elfrīda Lauva, kura darbu sāka brīvvalsts laikā un tika atzinīgi novērtēta arī padomju varas gados.
1958.-1987. - Rīgas 3.internātpalīgskola
1987.-1999. - Rīgas 3.palīgskola
1999.-2003. - Rīgas 3.speciālā skola
2003. - 2020. - Rīgas 3.speciālā pamatskola.
Kopš 2020.g.1.septembra skolas nosaukums ir Rīgas 3.pamatskola.
1958.-1961. Rīgas 3.internātpalīgskola. Dibinātāja - Milda Znotiņa. Skolā mācās 144 skolēni.
1961.-1968. Marija Agafonova
1966.-1969. Boriss Teivišs
1969.-1971. Miķelis Arājs
1971.-1976. Imants Siliņš
1976.-1978. Margarita Jelmanova
1978.-1985. Fjodors Paltkovs
1985.-2016. Inta Balode
Kopš 2017.g. 2.janvāra Rīgas 3.pamatskolu vada Dace Skeranska.
Laikrakstā "Diena" 2014.gada 26.septembrī ir publicēts raksts par mūsu skolas skolotāju Mārīti Osi "Latvijas lepnuma stāsts: Sirds cilvēks ar kokli".